[바이오인포매틱스] SRAtoolkit 설치

1. 우선 SRA toolkit을 다운 받는다.

https://github.com/ncbi/sra-tools

GitHub - ncbi/sra-tools: SRA Tools

 

2. Download에 들어가서 운영체제의 아키텍쳐에 맞는 파일을 다운받는다.

 

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3. 압축을 푼다. 대부분 tar 파일이기 때문에,

 

 

tar -xvf 파일이름.tar

이렇게 하면 압축이 풀린다.

 

압축을 풀었으면 그 폴더 안의 bin 폴더에 들어가면

 

fastq-dump 파일이 있다.

 

3. 다운받을 파일이 single-end 일 때는

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fastq-dump <SRA format>

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4. paired end 일 경우에는

fastq-dump --split-files <SRA format>

 

SRA는 NCBI의 GEO 데이터베이스에 있는 SRA 넘버를 집어 넣으면 알아서 다운받아진다.