[바이오인포매틱스] Annotation 파일 다운받기

특정 종의 Annotation 파일을 다운 받는 방법

Annotation 파일에는 각 유전자가 어떤 유전자인지에 대한 정보가 들어있다.

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1. 아래의 Ensembl 홈페이지로 들어간다.

https://asia.ensembl.org/index.html

 

Ensembl genome browser 100

Tools All tools BioMart  > Export custom datasets from Ensembl with this data-mining tool BLAST/BLAT  > Search our genomes for your DNA or protein sequence Variant Effect Predictor  > Analyse your own variants and predict the functional consequences of known and unknown variants Search  ...

asia.ensembl.org

2. BioMart 클릭

3. CHOOSE DATABASE 클릭 하여 Ensembl Genes 100 선택

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4. CHOOSE DATASET 선택하여 원하는 종을 클릭한다.

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5. 왼쪽의 Attributes 메뉴 클릭

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6. GENE: 부분에서 원하는 정보들을 클릭한 후,

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7, 왼쪽 위에 Results 버튼을 클릭한다. 그 후, 아래에 대략적인 표의 모습이 보인다.

그 후 Export all results to 파일 형식을 정하면 파일이 다운로드가 진행된다.

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주의할 점

데이터베이스에서 가져오는 것이므로 버전이 바뀔 수 있으므로 다운받을 때마다 해당 유전자의 버전으로 이름을 저장해두는게 좋다.