Parallel-fastq-dump 설치하기

Parallel-fastq-dump란?

fastq-dump는 ncbi에 있는 오믹스 데이터를 다운받을 때 사용하는 툴이다. 하지만, 이 툴은 느리다. 다운받는데 한참 걸린다. 왜냐면 툴 이름에서 볼 수 있듯이 sra파일을 다운받고 이를 fastq로 덤프 씌워주기 때문에 오래걸린다.

덤프 씌워주는 과정을 싱글스레드로 진행하기 때문에 느리다. 그래서 이런 단점을 보완하기 위해 어떤 좋으신 분들께서 Parallel-fastq-dump를 만들어주셨다.

 

 

다운로드

https://github.com/rvalieris/parallel-fastq-dump

GitHub - rvalieris/parallel-fastq-dump: parallel fastq-dump wrapper

위 링크로 들어가면 설치하는 방법이 나온다.

 

 

다운로드를 진행하기 전에 bioconda가 설치되어 있는지 확인해보고 그걸 이용해서 설치하면된다.